Heterotrophe Organismen (Tiere, Pilze, Protisten, die meisten Bakterien,) bauen körpereigene Stoffe aus organischen Stoffen auf, die sie der Umgebung entnehmen und die somit unter anderem als Kohlenstoffquelle dienen.

Autotrophe Organismen stellen aus Kohlenstoffdioxid durch Zufuhr von Energie und mit Hilfe eines Reduktionsmittels energiereiche, einfache organische Stoffe her, die in dem weiteren Stoffwechsel zu komplexeren Molekülen umgewandelt werden.

Photoautotrophe Organismen nutzen Licht als Energiequelle. Diese Form der Assimilation wird darum Photosynthese genannt.

• Alle höheren Pflanzen und einige Bakterien nutzen dabei Wasser als Reduktionsmittel, das heißt als Elektronen- und Protonenquelle.
• Andere Bakterien nutzen Wasserstoff, Schwefelwasserstoff, Schwefel oder zweiwertiges Eisen als Reduktionsmittel.

Chemoautotrophe Organismen (einige Bakterien) nutzen chemische Energie, die sie aus exergonen chemischen Stoffumsetzungen gewinnen, zur Assimilation von anorganischen Stoffen. Diese Form der Assimilation wird darum Chemosynthese genannt.

• Als Kohlenstoffquelle dient in der Regel Kohlenstoffdioxid. Als Reduktionsmittel benutzen sie anorganische Stoffe, zu dem Beispiel Wasserstoff H₂, Schwefelwasserstoff, Schwefel, zweiwertiges Eisen, Ammoniak oder Nitrit. Diese Reduktionsmittel werden gleichzeitig zur Energiegewinnung oxidiert.===Stickstoffassimilation===

Pflanzen und viele Bakterien stellen aus Nitrat (NO₃^-) oder Ammonium (NH₄⁺) stickstoffhaltige, organische Verbindungen her.

Lat. assimilatio bedeutet Angleichung, Eingliederung. Es werden Stoffe aus der Umwelt den Anforderungen des Organismus angeglichen.